Les premières troupes allemandes débarquent dans la colonie au milieu de l’année 1889, menées par Curt von François.
Samuel Maharero, fils de Kamaharero, de plus en plus déçu par l’attitude des Allemands, et Hendrik Witbooi, qui comprend l’ampleur de la menace coloniale, s’allient. Face à ce front unifié, von François lance, dans la nuit du 12 avril 1893, une attaque surprise sur le camp de Witbooi : les troupes allemandes massacrent pas moins de 75 femmes et enfants. En dépit de ce bain de sang, von François ne parvient pas à soumettre Witbooi.

En 1894, il est remplacé par Theodor Leutwein, qui reprend le contrôle en imposant l’application des traités de protection. Samuel Maharero se rapproche de Leutwein pour étendre son pouvoir. Défait après une féroce bataille de treize jours, Witbooi doit se résoudre à signer un traité de collaboration avec les Allemands.

En 1896, les deux chefs combattent aux côtés de Leutwein contre les Mbanderu et les Khauas Khoi : c’est la première des nombreuses campagnes conduites contre les «tribus rebelles» dans le double but d’étendre l’influence de Maharero et de libérer des terres, du bétail et de la main d’œuvre pour les colons allemands. Les survivants des combats sont systématiquement envoyés aux travaux forcés tandis que les terres et le bétail des Herero passent aux mains des Allemands. Quand la peste bovine frappe les territoires surpeuplés laissés aux Herero, les conséquences économiques et sociales sont catastrophiques. À la fin de la décennie, les Herero ont perdu leur indépendance.

Lorsque le général Lothar von Trotha débarque dans la colonie, la majorité des Herero, soit près de 50 000 hommes, femmes et enfant accompagnés de leurs troupeaux, se sont rassemblés sous le commandement de Samuel Maharero sur le plateau du Waterberg. Anticipant des négociations, ils ont cessé leurs attaques. Von Trotha n’a cependant aucune intention de négocier. Ses troupes encerclent le campement du Waterberg et, à l’aube du 11 août 1904, elles passent à l’attaque ayant pour ordre de ne pas faire de prisonniers.

Pourtant, les Herero réussissent à briser l’encerclement et des dizaines de milliers d’entre eux s’enfuient dans le désert. Von Trotha ordonne qu’on les poursuive, tout en bouclant le territoire et en coupant l’accès aux points d’eau. Pendant des semaines, repoussés de plus en plus loin dans le désert, d’innombrables Herero meurent de déshydratation.

Le 2 octobre 1904, le général émet un ordre de destruction, le Vernichtungsbefehl, qui déclare que tout Herero présent sur le « territoire allemand » sera abattu.

Les soldats allemands, épuisés, malades et dont la haine raciale a été alimentée par les rumeurs de la cruauté des Herero, massacrent des civils, y compris des Herero qui n’ont pas pris part à la guerre. Lorsque l’ordre est levé suite à l’intervention des missionnaires, le génocide entre dans une nouvelle phase : les survivants Herero sont incarcérés dans des camps de concentration et contraints aux travaux forcés.

Quelques combattants herero parviennent à rejoindre les Nama par le Sud. Hendrik Witbooi, qui a amené des troupes pour venir en renfort des Allemands au Waterberg, finit deux mois plus tard par se retourner contre ses alliés. Conscients du désir qui anime les colons de désarmer et de contrôler tous les Africains, les Witbooi et leurs alliés nama ouvrent les hostilités en s’attaquant aux fermes des Européens ainsi qu’à leurs convois, tuant les hommes et s’emparant de tout ce qui a de la valeur. S’en suit une pénible guérilla qui va durer quatre ans.

Les Nama mettent à profit leur connaissance du terrain pour prendre en embuscade les forces allemandes qui continuent à perpétuer leurs atrocités. Le 23 avril 1905, von Trotha fait une déclaration qui menace les Nama du même sort que les Herero, mais il ne parvient pas à les assujettir avant son départ le 19 novembre 1905.

Après le décès de Witbooi suite à une blessure reçue sur le champ de bataille près de Vaalgras le 29 octobre 1905, d’autres capitaines, parmi lesquels Cornelius Fredericks de Béthanie, Simon Kopper des Nama Franzmann et Jakob Morenga, un chef charismatique de descendance mixte, herero et nama, poursuivent le combat. Ce dernier est finalement abattu par la police du Cap. Cernés, Fredericks et ses hommes sont contraints de se rendre en mars 1906. Ils sont tous internés dans le camp de concentration à la sinistre renommée : Shark Island – l’île aux requins.

La majorité des colons qui s’emparent des terres et du bétail des Herero traitent les Africains avec une absence totale de respect. Le viol est fréquent, exacerbé par la pénurie de femmes allemandes. Les craintes de dégénération raciale du peuple(Volk) allemand vont finalement mener à l’interdiction des mariages mixtes le 23 septembre 1905. Les notions de différence raciale sont fondées sur l’anthropologie allemande de la fin du XIXe siècle qui établissait une distinction entre les peuples dits « civilisés » et les autres considérés comme « primitifs ». On espérait comprendre le genre humain à travers l’observation objective des peuples dits « primitifs » tels que ceux exhibés dans les zoos humains, très populaires en Europe à l’époque. L’une des plus spectaculaires de ces manifestations est sans conteste l’Exposition coloniale qui se déroule à Berlin : plus de cent personnes issues des colonies allemandes y sont exhibées dans le parc de Treptower durant l’été 1896. Samuel Maharero, considérant qu’il s’agit d’une opportunité diplomatique unique, dépêche cinq notables, parmi lesquels figure son propre fils, Friedrich Maharero, afin qu’ils puissent rencontrer le Kaiser Guillaume II et consolider leur alliance avec les Allemands. La recherche de données objectives dans le but d’établir les caractéristiques de chaque type entraîna une véritable frénésie collective qui allait drainer dans son sillage un commerce macabre de restes humains.

La collecte des restes humains

Jusqu’en 1904, la collecte de crânes humains pour le compte de la recherche anthropologique n’était pas organisée. À Berlin, les scientifiques ont peu de contrôle sur les spécimens qui arrivent dans leurs collections, souvent des « souvenirs » ou des trophées rapportés par les soldats qui reviennent des colonies. La politique concentrationnaire de von Lindequist permet de systématiser la collecte. Les docteurs militaires en service dans les camps reçoivent des requêtes émanant de scientifiques berlinois qui leur demandent de conserver des crânes et des têtes entières de Nama et de Herero. Il est indubitable que le Dr. Bofinger ait participé à de telles activités à Shark Island. Des scientifiques entreprennent de prouver la différence hiérarchique entre Européens et Africains, parmi lesquels figurent les chercheurs de l’Institut pathologique de Berlin qui reçoivent, entre 1906 et 1907, un nombre indéterminé de têtes nama et herero en provenance de la colonie. La manipulation des résultats confirme les stéréotypes racistes répandus en Allemagne et justifie les lois raciales instaurées dans le Sud-Ouest africain allemand. Parmi les études publiées, celle d’Eugen Fischer (1913), qui entend démontrer les conséquences négatives de la mixité raciale au sein des Basters de Rehoboth, demeure la plus influente.

Dans le contexte d’une politique de « réserves », les Nama et les Herero récupèrent quelques terres et une certaine autonomie. Entre temps, les Herero et les Nama s’emploient à reconstituer leur identité communautaire autour d’événements commémoratifs. Les funérailles de Samuel Maharero, mort en exil et inhumé à Okahandja le 26 août 1923, constituent un événement spectaculaire. L’événement est depuis lors commémoré chaque année sous le nom de la journée du Drapeau rouge ou journée des Herero. Du côté des Nama, l’inauguration dans les années trente de la pierre commémorative dédiée à Hendrik Witbooi marque la première Journée des Witbooi, une commémoration annuelle rythmée de reconstitutions de batailles et de discours politiques.

En 1960, le mouvement de libération nationale du peuple du Sud-Ouest africain (SWAPO – Organisation du Peuple du Sud-Ouest africain) voit le jour et la lutte pour l’indépendance s’intensifie. Le 21 mars 1990, la Namibie devient indépendante et le gouvernement SWAPO, sous la présidence de Sam Nujoma, commence à revoir la politique du souvenir dans le cadre d’une réconciliation nationale. Un nouveau monument national inauguré en 2002, le Heroes Acre, est conçu pour symboliser la naissance d’un État moderne, fruit de la lutte armée contre le colonialisme. Toutefois, il faut attendre 2013 pour que le Reiterdenkmal, le plus grand symbole du pouvoir colonial allemand, soit retiré.

Tandis que le gouvernement se concentre sur la construction de la nation, les Nama et les Herero exigent des excuses et demandent réparation au gouvernement allemand pour les atrocités commises et les injustices incessantes : la majorité des fermes rentables est toujours aux mains des fermiers blancs.
En 2001, des Herero menés par le grand chef Kuaima Riruako déposent une plainte contre le gouvernement allemand aux États-Unis. Bien que cette plainte ait été rejetée, la demande compensatoire est alimentée par des excuses partielles présentées en 2004 et par le rapatriement des restes des Nama et des Herero victimes du génocide.

Finalement, en juillet 2016, le gouvernement allemand annonce que des excuses officielles sont sur le point d’être présentées – une étape importante dans le long processus d’acceptation du passé douloureux des Nama et des Herero, de la Namibie et de l’Allemagne.